Las medidas incluidas en el PRTR deben respetar el principio de adicionalidad y la necesidad de establecer mecanismos que eviten la doble financiación. Por ello, las inversiones financiadas con fondos del MRR podrán recibir ayudas de otros programas e instrumentos de la Unión, siempre que dicha ayuda no cubra el mismo coste.
Para evitar la doble financiación es conveniente regular y convocar, con carácter independiente, la financiación a cargo del PRTR. Especialmente, separándola de otras fuentes de finaciación de fondos europeos.
Se debe distinguir claramente los proyectos que son financiados con el PRTR, sin incurrir en supuestos de doble financiación.